Городок, раскинувшийся у слияния рек Жеймена и Дубинга, в письменных источниках упоминается с XV в. В те времена не было мостов и приходилось переходить реки вброд. Поэтому, возможно, название поселения произошло от слова брада (по-литовски – «брод»).
На протяжении долгого времени Пабраде принадлежало поместью, которым владела литовская знать - Носиловские, Радзивиллы, Тизенгаузы, Тышкевичи. До XIX в. Пабраде был маленьким городком на дороге Вильнюс-Даугавпилс. Рядом находился трактир, который сохранился до наших дней. Городок начинает расти только во второй половине XIX в. – когда была построена железная дорога Петербург – Варшава.
В 1927 г. бывшая православная церковь была переделана под католический костел св. Иосафата (неовизантийский архитектурный стиль). В 1939 г. по навязанному Москвой договору (последствия Советско-германского договора) рядом с Пабраде, на полигоне, оставшемся еще с имперских времен, разместилась советская военная база. 15 июня 1940 г. именно отсюда взял начало один из оккупационных потоков.
1 сентября 1957 г. открыта литовская школа-семилетка, которая в 1959 г. была реорганизована во 2-ую среднюю школу. В 1963 г. двери открыл городской Дом культуры, русско-польская 1-ая средняя школа. В Доме культуры разместилась и городская библиотека. Любителей музыки объединила музыкальная школа.
После восстановления независимости в Литву потянулись нелегалы, поэтому в Пабраде открылся Центр регистрации иностранцев.
