Мядининкай – древний населенный пункт, упоминавшийся уже в XIV в. Здесь после принятия Литвой христианства в 1387 г. был основан один из семи первых приходов и возведена церковь.
Современный костел Пр. Троицы и cв. Казимира был построен в 1931 г. В деревне Мядиникай сохранились развалины древнего каменного замка. Это древнейший оборонительный замок в Балтийских странах.
В 3-х км от Мядиникай – самое высокое место в Литве, холм Юозапине.
31 июля 1991 г. на Мядининкском пограничном пункте отряд советских омоновцев расстрелял группу литовских пограничников.
